Есть у нас квартира, оформленная на меня и брата пополам, хотим обменять её на другую квартиру с доплатой(нам). Можно ли при обмене сделать так,чтоб оформить новую квартиру только на одного брата? Доплату заберу себе.

Мена сейчас не практикуется практически.
Продавайте эту, покупайте другую, оформляйте как хотите это Ваше право.